中小企業にとってのデメリット

制度導入段階ではマイナンバーの民間利用は禁止され、利用は社会保障や税、災害時の本人確認に限定されます。しかし、それだけでは使い勝手が悪いため、莫大な投資に見合うメリットが得られるかどうか疑問視する声が少なくありません。

マイナンバーの取り扱いにおいて民間企業は「必要な範囲を超えて扱わない」「情報漏えいしないよう安全に管理する」「取り扱う従業者を教育、監督する」「委託先を監督する」などの義務や責務を負う。具体的にはマイナンバー制度の開始までに、マイナンバーの収集において厳格な本人確認を行うシステム、情報漏えい防止のための安全管理処置を講じること、そのための社内ITシステム改修やポリシーの制定、改訂を行っていく必要がある。データ保護の方法については、例えば「データの暗号化」や「パスワード保護」、そして「暗号鍵やパスワードの適切な管理」を行うようガイドラインで示されている。

マイナンバー関連業務をアウトソースするにも、その委託先（その委託先の委託先も含めて）が適切かつ安全に管理、運用しているかを自社が監督する義務がある。漏えい事故が発生すれば、自社も罰則の対象になる。アウトソーシングサービスの選定も、マイナンバー法施行に対応した安全、確実な対応と対策手段を設けている事業者かを見極める必要がある。

今後、社会保障のデータと税務署のデータの内容精査が行われるようになります。すると厚生年金の未加入事業所が全て表に出てくる。現在、源泉徴収をしている企業は250万社あると言われますが、厚生年金に加入している企業は170万社にすぎない。80万社が加入を逃れているのでは、と疑われています

企業におけるマイナンバー制度への対応では「従業員に各自のマイナンバーを申告してもらい、それを源泉徴収票などの書類に記載すればよい。そのためには人事/給与システムにマイナンバー用の項目を追加すれば十分である」という誤った理解も少なくない。

マイナンバーは個人の所得にも関連する重要な情報であり、適切に管理されなければならない。
そのため不適正な理由や目的による情報の収集や漏えいなどには、個人情報保護法よりも重い罰則規定が設けられている。
例えば、故意の漏えいに対しては最高で4年の懲役が科せられる。